Embora haja variações de aldeia em aldeia, a estrutura organizacional geral e a hierarquia dos sistemas de cada aldeia ninja é o mesmo. No topo da organização é o chefe da aldeia, ou o Kage no caso dos Cinco Grandes Países Ninja.
Eles governam a vila e seus ninja juntamente com um conselho, geralmente composto de ninja de alta classe e anciãos.
As forças efetivas ninja são divididas em três grupos. As forças regulares, a Anbu, e as equipes médicas.
As Forças Regulares (Seiki Butai) formam a base da vila e seu sistema ninja.
A maioria dos ninjas são uma parte dessas forças e, individualmente ou em equipes, eles executam a maioria das missões que a aldeia recebe.
Eles também têm a tarefa de várias funções dentro da organização, tais como treinamento e funções administrativas.
Quando um estudante da Academia é graduado, eles geralmente tornam-se uma parte dessas forças, assumindo o posto de genin.
Através de vários exames e testes, eles podem ser promovidos a postos mais elevados, primeiro a chuunin e depois disso a jounin.
Às vezes, quando um ninja é especializado em uma habilidade muito específica, ele pode assumir o posto de tokubetsu jounin, que é uma classificação entre chuunin e jounin.
Estudante da Academia (Akademī-sei) compõem o corpo discente da Academia, onde eles são treinados e preparados para a vida como um ninja.
Eles não são uma parte real da força ninja, como estão ainda no processo de dominar o básico do estilo de vida de ninja. No entanto, eles podem ser recrutados como parte do potencial de uma guerra em tempos de emergência.
Genin (Junior Ninja) é o menor nível de ninja e também os que apresentam a maior diferença no poder. Quando eles se tornam genin, os ninjas começam a fazer a sua parte para a economia de sua aldeia - sendo enviados em missões que a aldeia é paga para realizar.
Eles normalmente são enviados em missões de Rank D, que são quase totalmente livre de riscos postos de trabalho manual, ou, raramente, em missões Rank C, que são acima disso e começam a beira do real trabalho "ninja" que tem uma possibilidade muito baixa de risco para os ninjas envolvidos.
Quando Konohagakure estava sem ninja de nível superior por causa da invasão, a aldeia tinha que ocasionalmente enviar genin em missões mais bem classificadas.
Chuunin (Ninja Médio) são ninjas que são qualificados para orientar outro ninja e liderar em missões. Um Chuunin deve ter atingido um nível de maturidade e habilidade que consiste principalmente de habilidades de liderança e proezas táticas.
Um Genin que não têm as habilidades necessárias para se tornar Chuunin são eliminados no Exame Chuunin.